军机处会议上，韩林将南洋水师攻击台湾高雄一事拿出来，要求严厉惩治南洋水师带队长官。朝廷向受兵祸家庭予以补偿。
奕匡道：“台湾已割让日本，如今大清赔偿台湾就是赔偿日本。难道林郡王也成了日本人的狗了？开始替日本人说话了？”
韩林骂道：“台湾人民奋力抗击日军入侵，大清水师却偷袭后方，这种无耻之事传出去才是丢人丢到家，内战内行，外战外行。这就是庆亲王竭尽全力要保护的南洋水师？”
奕匡道：“如今证据匮乏，岂能道听途说，就惩治大将！起码要派专人去台湾认真考察取证，朝廷到时自有公断。”
韩林道：“等你派人过去，恐怕早就将赃物销赃，犯人遣散了，我台湾人民要吃这个哑巴亏吗？”
奕匡道：“你怎么老是操外国的心？这台湾不早就割让了嘛！”
韩林道：“祖宗之地，半寸也不能予人。你满人无能，丢了台湾，台湾人自己抗争，就算不帮忙，也不能落井下石吧？如此与禽兽何异？”
奕匡道：“林郡王如果想管，那就尽管自己处理好了？只是国库空虚，还请不要打户部的主意。”
韩林道：“放心！凶手自会伏法，到时候找到某些人内外勾结、吃里扒外的证据，我可不会手软！”
出了军机处，韩林表回府，命令南海舰队徐长顺封锁广东海域，南洋舰队的军舰有一艘抓一艘，但不能攻击广东基地，避免落下话柄。
台湾水师留下台湾舰、鞍山舰、长春舰、抚顺舰，022导弹艇两艘，分成两批一南一北巡视支援。其他所有军舰进入南海，巡视各国，搜查南洋水师踪迹。
台湾陆军经刘铭传、唐景崧分析，招收了大量战斗力不足的流民，极速扩编混入不少清兵绿营和蛮勇十足但缺乏素养的土着所致。斩杀丢弃阵地而逃的守备将军，组织能力不行的本土师长也被撤换。
江苏支援大量有文化的学生兵和军事院校出身的军官，另外，台湾扩大军事学院的规模，自主培养军官士官。此后招兵要注重比例。裁撤大量战斗素养低、旧军队思想僵化的士兵。开始向标准的林军部队看齐。
经过半个多月的搜寻，终于在苏禄王国东边发现南洋水师的踪迹。台湾水师迅速向此地靠拢，因为此地是西班牙殖民地，水师将领特意向刘铭传发电报问讯，是否要注意国际影响。
刘铭传回电道：“我们只管军事问题，外交问题自有王爷来处理，拿不下南洋水师就提头来见！”